Ab seinem 17. Lebensjahr leitete Bernhard Gärtner verschiedene Chöre. Darunter waren ein katholischer Kirchenchor, zwei Männerchöre und ein Jugendchor. Während seines Dirigierstudiums bei Hans Michael Beuerle und Francis Travis leitete er den Madrigalchor Freiburg, mit dem er verschiedene oratorische Werke zur Aufführung brachte, ebenso aber auch die a-cappella-Literatur pflegte. 1986 gab Gärtner diese Tätigkeit dann aber zu Gunsten der Sängerlaufbahn auf.

Bernhard Gärtner, nach wie vor als Sänger international tätig, übernahm 2008 den Freiburger Oratorienchor, mit dem er seit dem erfolgreich arbeitet. So gestaltete der Chor 2012 auf Einladung das Abschlusskonzert des renommierten Festivals in Masevaux, das zugleich auch zu Ehren des 70. Geburtstages des Pariser Organisten Daniel Roth statt fand. Es erklang unter anderem die symphonische Orgelmesse von L. Vierne, bei der Daniel Roth selbst an der Hauptorgel saß. Seit 2016 ist er, als Nachfolger von Hans-Michael Beuerle, der künstlerische Leiter des Anton Webern Chores Freiburg.